Hojo est le chef de la section scientifique de la Shin-Ra. Il a succédé de manière mystérieuse au professeur Gast. C'est un personnage extrêmement mystérieux et malsain qui ne recule devant rien pour avancer dans ses recherches. Il n'hésite pas à se servir d'êtres humains et cache de nombreux secrets inavouables aux yeux de la population voire même à ses patrons.