Peut-on dire que le Puppet Master est un personnage? Il s'agit en fait d'un programme informatique développé par le ministère de la défense. Optimisé au maximum, il est capable d'atteindre presque toutes les données informatiques du monde, et peut également controler plus ou moins les "ghosts" des cyborgs. C'est l'ennemi de Kusanagi. Doté peu à peu d'une conscience de la même manière que les cyborgs en possèdent une, le Puppet Master révendique son existence, au même titre que Kusanagi. Les deux personnages en deviennent alors beaucoup plus proches... Le Puppet Master amène alors le major à se pencher sur la valeur de sa conscience, dans la scène finale, où ils finissent tous deux par fusionner.