Après son cinquantième contrat honoré sous l'ordre de l'organisation Phénix, la tueuse Glass Heart décide de se suicider pour se libérer de ses maîtres. Celle-ci est sauvée de sa tentative grâce à la transplantation d'un coeur qui a appartenu à Kaori Makimura, l'ancienne assistante de Ryo Saeba alias City Hunter. Après un an de coma et au cours d'une connexion avec le passé de Kaori, Glass Heart se réveille et s'enfuit vers le Japon dans le but de retrouver Ryo. Ce dernier de son côté, continu ses recherches à propos des voleurs qui ont subtilisés il y a un an le coeur de Kaori lors d'un convoi médical. Il a arrêté son boulot et passe son temps à draguer ou dans ses recherches pour éviter de penser à la mort de sa partenaire. Pendant ce temps, Glass Heart débarque avec fracas à Shinjuku, hantée par des fragments de la mémoire de Kaori. Elle débarquera entre autre au café d'Umibozu qui reconnaîtra malgré sa cécité la présence de Kaori. Elle réussit à retrouver le panneau des messages mais celui-ci a depuis disparu. Choqué par cela et toutes ses visions, elle s'évanouit sans le savoir dans les bras de Ryo qui était parti à la recherche de la "soi-disante Kaori" qu'avait rencontré Umibozu un peu plus tôt. Ce dernier la ramène chez le Doc qui découvrira après une analyse que Glass Heart est la receveuse du coeur de Kaori. Malheureusement celle-ci s'enfuit et le Doc part chercher Ryo, qui est retourné entre-temps voir Saeko chez Umibozu, pour l'en informer.