Sakura Kinomoto est une jeune écolière de 10 ans. Dans la bibliothèque de son père, elle découvre par hasard un livre scellé, portant une gravure en tête de lion... Ce livre est le Clow Book, et seuls les élus ont la capacité de l'ouvrir. Sakura est celle que le Clow Book attendait pour éveiller son gardien: Cerberus. Celui-ci a la charge de protéger le livre, ainsi que les Clow Cards, dont les pouvoirs permettent de maintenir l'équilibre de la Terre... Mais voila que ces cartes ont mystérieusement disparues.
La mission de Sakura, devenue Card Captor en ouvrant le livre, est de récupérer les Clow Cards et de les remettre dans le livre.

Seule sa meilleure amie Tomoyo Daidouji est au courant de ses activités assez spéciales... Quant à Cerberus, ou Kero, comme l'appelle Sakura, il doit se faire passer pour une simple peluche, à son plus grand malheur...