Yuzuki a tenté d'infiltrer la base de données du gouvernement. Violemment refoulée par Dita, l'ordinateur chargé de protéger ces données, Yuzuki a eu son système fortement endommagé. Ce n'est pas sans mal que Minoru la fait redémarrer. Il se rend compte alors, que comme Hideki, il ne s'est pas attaché à l'ordinateur, copie de sa soeur Kaede, mais à Yuzuki elle-même. Ce sont des sentiments qu'il a pu affirmer grâce à Hideki, qui voit de plus en plus Tchii comme un être à part entière.
En revanche, malgré sa tentative d'infiltration avortée, Yuzuki a pu récupérer une autre photo où posent deux Tchii, portant des vêtements qui ressemblent à ceux offerts par la logeuse quelques temps auparavent.
Quel est son lien avec Tchii ? Quel message cherche-t-elle à faire passer à travers son ouvrage "La ville déserte" ?
Alors que Hideki cherche encore à comprendre ses sentiments envers Tchii, celle-ci se rend compte qu'il est la personne la plus importante pour elle. Un événement étrange se produit alors : quel la fonctionnalité principale des Chobits ?