Une nuit il y a bien longtemps, le bateau de l'amiral de la marine Urakami, Matazaemon Urakami, brûla et sombra, mais, avant cela, ce dernier sauva sa petite fille la lançant par delà les flammes… Tel est ce qui est raconté dans le journal de voyage du père Floris…
Genzô avait été sollicité pour une affaire, mais ce dernier allait la refuser, et il partit donc sur l'île d'Uoto pour rendre son argent à un certain Sugoroku Tsukuda. Il s'y fait emmener par le vieux Gon, et sur leurs chemins, ils trouvent Chiyomaru, le fils de l'homme que Genzô voulait rencontrer. Le marionnettiste a une drôle de sensation en voyant ce jeune homme… Ce dernier les met en garde de ne plus s'aventurer dans leur domaine. Après avoir parler avec Sugoroku sama, ils se dirigent vers l'autre versant de la rive, pour rentrer, mais, sur leur chemin, un navire ennemi les attaque. Ils sont sauvés grâce à Chiyomaru qui intervient de justesse. Genzô demande à Otsuru de s'occuper de Gon, juste avant que les bateaux ne coulent après une énorme explosion… Genzô se retrouve au milieu de la mer, aux côtés de Chiyomaru, mais une bête attrape le pied de Genzô et le fait s'enfoncer dans les abîmes d'une grotte. Après sa perte de connaissance, Genzô commença à soigner Chiyomaru, qui en se réveillant, refusa toute aide, mais Genzô fit comme si de rien n'était, et enleva son armure. A ce moment, il se rendit compte que Chiyomaru était en fait une fille… Kiyone, la fille sauvée des flammes. Ils trouvent enfin une sortie de la grotte, et voient son père se faire enlever par l'équipage de Cruz. C'est à ce moment qu'ils décident d'infiltrer leur camp pour sauver Sugoroku. Ils y vont à dos de baleine, le seul véritable ami de Kiyone, le seul à connaître son secret, son "fantassin".
Arrivés là-bas, après s'être déguisé en gardes, et plusieurs combats et ruses de Genzô et ses marionnettes, ils réussirent à sauver le père, et commencèrent à partir, pourchassés par les soldats ennemis. Genzô, blessé, les ralentit, et ce n'est qu'en sortant qu'Otsuru et Kiku arrivent et les sauvent de tous ces adversaires. Ils s'en vont sur la barque du vieux Gon, et se font de nouveau attaquer par un des acolytes de Cruz. Là, pour sauver Genzô, Kiyone se jette à l'eau. Après cela, Genzô ayant pris le moule de Kiyone, décide de tout prendre en main pour la sauver, et accepte donc l'offre de Sugoroku sama.