Shinji est le personnage central de cette histoire et il est agé de 14 ans.

Il y a 10 ans, après la mort de sa mère au court d'une expérience il a été abandonné par son père à son tuteur, son oncle. Ce jeune homme va être appellé a piloter l'Eva-01 et a s'engager dans un combat contre le mal, avec à ses côtés ses amis.

Au cours de ses aventures il va tenter d'élucider le mistère qui pèse autour de lui. Shinji, malgré le lourd poid qui pèse sur ces épaules est un héros peu énergique et très molasson. Celui ci est indifférent envers autrui, mais il essaye de ne pas le monter en s'efforcant de participer aux "délires" de ses amis. Malgrè son enthousiasme forcé envers ses amis, il reste néanmoins très renfermé sur lui même, et n'ose exprimer ses sentiments de peur d'être rejeté par son père qui ne lui porte guêre d'attention.

Durant toute la série ce jeune héro va participer aux combats contre les anges, sans contester quoi que ce soit. Petit à petit, il va tout de même s'intégrer au groupe et avoir de vrai amis sur qui il pourra compter plus tard.