Après cet atroce spectacle auquel vient d'assister Shinji, impuissant, L'Eva-01 retourne dans l'entry plug.
Shinji, énervé, veut tout casser, alors son père fait augmenter la pression du LCL jusqu'à ce que l'enfant s'évanouisse...
Shinji est hanté par ce souvenir, et voit Hikari qui lui demande de "lui rendre Tôji" et qui l'accuse de sa mort. Shinji se réveille en sursaut, et se rend compte qu'il est dans une chambre d'hôpital, et, à ses côtés, se trouve Ryôji Kaji...qui doit l'emmener voir son père.
La rencontre est assez violente, et Shinji tente de le frapper, puis fond en larme disant qu'il ne pilotera jamais plus une Eva...
Après ses adieux à Misato, il se retrouve à la gare, et là, comme au début du mangaz, un ange attaque. Shinji reste "indifférent" jusqu'à ce que Kaji arrive et l'emmène dans un refuge, pour le protéger...
Rei et Asuka, tente, tant bien que mal, d'éliminer l'ange...
Une fois au refuge, Kaji parle de son passé à Shinji, son douloureux passé, où, pour sa survie il avait sacrifié la vie des ses amis et de son frêre, eux aussi orphelin victimes du second impact...
Et lui dit que leurs vies, aussi bien que celle de Misato était voué à être malheureuse...Que c'était leur destin, et que, pour cette raison, il se devait de continuer à piloter l'Eva.
Après ça, Shinji part piloter son Eva, en arrivant sur les lieux où se déroulent le combat, Shinji découvre Asuka qui a perdu ses deux bras, et Rei dans un sale état...
Il se fait arracher le bras, et se fait laminer par son adversaire d'une force incroyable. Et là, après le cri de désespoir de Shinji, prêt à tout pour trouver un moyen de gagner, la "femme" se réveille. Le taux de synchronisation entre l'Eva-01 et Shinji excède les 400%, il bat l'ennemie sans problême, et l'Eva change...Semble avoir des instincts primaires, et commence à manger l'ange battu.
LEs membres de la NERV sont écoeurés par ce combat, et Shinji se retrouve une fois de plus impuissant face à ce spectacle.
Après ce combat, la SEELE fait son apparition, et tous les "children" se trouvent sur un lit d'hôpital, Asuka traumatisé par sa cuisante défaite...
Et la SEELE fait entrer en scène leur "atout", la clé de leur scénario...