Shinji est toujours enfermé dans le cockpit de l'Eva01, et n'arrive pas à en sortir, il y subit des sortes de "chocs spirituels" et y voit sa mère, qui essaie de l'emmener dans les ténèbres, dans les plus sombres recoins de l'Eva01.
Pendant ce temps, après maintes tentatives de sauver Shinji, tous commencent à perdre espoir, et Kaji va rendre visite à Misato qu'il embrasse, et à qui il avoue que ses sentiments n'ont jamais changé. Après tout ça, une nouvelle tentative qui échoue, mais grâce à Rei, quelque chose de spécial se passe, et elle arrive à sauver Shinji.
Les rapports entre les deux protagonistes avancent, pendant que le vice commandant se fait enlever par la SEELE, plus précisément par Kaji.
Après que ce dernier se soit rappelé de ce qu'il avait fait, Kaji se rend compte qu'il devrait le sauver, et l'emmène en dehors de cet endroit, mais se condamne à mort...
Kaji est trouvé mort, le moral de Misato est au plus bas, Asuka ne se sent pas bien non plus, sa fierté ayant pris un choc, et pensant à sa mère, et Shinji se trouve au milieu de tout ça, ne sachant comment réagir...