Lors d'une visite de la tour de Tokyo, trois jeunes filles entendent un appel à l'aide. D'un coup elles se retrouvent projetées dans un monde étrange. Hikaru, Fû et Umi sont alors abordées par un étrange personnage, le magicien Clef. Celui-ci leur révèle qu'elles sont les Magic Knights Rayearth. Elles sont chargées de sauver le monde de Céphiro, en proie au chaos depuis l'enlèvement de la princesse Emeraude. C'est elle qui est chargée de maintenir l'équilibre et la paix de ce monde. Enlevée par Zagat, les trois jeunes filles ne pourront retourner chez elles que si elles accomplissent leur mission. Mais celle-ci semble difficile à mener : le magicien parle par énigmes.
La première étape est avant tout de se procurer des armes et découvrir quelle "magie" réside en elles.
De nombreuses embûches vont se dresser,alors que le but de leur mission n'est pas clairement fixé. Heureusement pour elles, elles sont guidées par un petit être, Mokona, mais il semble qu'il recèle bien des surprises.
Quelles épreuves attendent nos "magical girls" débutantes ?