Agé de 48 ans, Gendo est le père de Shinji.

Il y a 10 ans, il l'a abandonné à son oncle pour se consacrer à ses recherches.  Gendo est le tout puissant président de la NERV, il a le controle sur tout ce qui s'y trouve, c'est à lui que l'on doit les fameux Eva, qu'il a crée avec sa femme (qui est malheureusement décédée au cours des expériences).

Cet homme, froid et sinistre n'apporte aucune attention à son fils, Shinji. Mais par contre il est plus attentif encers Rei , une pilote qu'il a sauvé auparavant, au péril de sa vie. On ne connait pas grand chose d'autre sur cet homme. D'ailleur il n'est que très rarement présent, et lorsqu'il est là c'est pour critiquer son entourage.

Durant toute l'histoire Shinji va tenter de se rapprocher de lui et tenter de recréer les liens père et fils qui jadis était très fort! Malgré ses efforts soutenus, Shinji n'y parvient pas, son père à chaque tentative le rejettera! 

Mais on ne peut pas dire non plus qu'il n'a pas de coeur, car il a tout de même sauvé la vie de Rei. On ne sait pas trop ce qui se passe dans la tête de ce veil homme, a t'il un peu de compasion pour son fils?