Rei Ayanami Rei est une fille agée de 14 ans, avec derrière elle un passé hautement mystérieux. Rei a été sauvée par le père de Shinji au court d'une expérience de l'Eva-00, et depuis elle le considère comme son père.

Rei, pilote de l'Eva-00, a elle aussi le devoir de lutter contre les anges! Elle combat aux côtés de Shinji et Asuka, ses camarades de classe. Elle vie renfermée sur elle même sans demander l'aide de personne, mais sans pour autant être vulnérable.

Sadamoto, l'auteur, a donc créer une "fille mystère", il s'est inspiré de plusieures filles qu'il avait auparavant dessinées. Il lui a donné l'image d'une fille fragile que l'on a envie de connaitre et d'aider mais que l'on ne peut hélas approcher. Rei n'est aucunement dépourvue d'émotions, mais elle ne les reconnait pas!" Voilà ce que l'on peut penser d'elle.

En effet, celle-ci, durant toute la série n'exprimera aucunes émotions sur son visage. Et elle ne prononcera que quelques mots et n'adressera la parole qu'au commandant, et petit à petit à shinji.