Nagisa a 15 ans et a été recruté par la NERV afin de remplacé Asuka aux commandes de l'EVA-02.

Il devient rapidement un ami de Shinji qui lui ouvre son coeur. Malheureusement, après une enquête poussée de la NERV, il apparaît que Nagisa est en réalité le 17ième Ange !

Lors de leur confrontation alors inévitable, Nagisa demande à Shinji de le tuer pour sauvegarder l'humanité. Après une longue hésitation et difficile période de doutes, Shinji portera le coup de grâce à son ancien ami.