Nous faisons la connaissance de Yugi Muto, le héros de ce manga, suivit de Honda et Jono Uchi 2 lycéens qui n'arrêtent pas de taquiner Yugi et Anzu une lycéenne de la classe de Yugi qui vient tout le temps aider ce dernier. Plus tard Yugi va réussir a reconstituer son puzzle du millenium ce qui lui permettra d'avoir un "autre lui". Depuis ce jour, Yugi va changer d'identité chaque fois que ses amis auront des problèmes, Jono Uchi et Honda deviendront alors amis avec Yugi.