Après la victoire de Jono Uchi et de Yugi, normalement les 2 finalistes auraient dû s'affronter mais comme ils ont le même but, Yugi dit à Jono Uchi qu'il va faire le duel contre Pegasus. Le duel du millenium commence, grâce a l’œil du millenium, Pegasus peut lire toutes les cartes de Yugi et peut préparer la parade. Au début Pegasus mènera le jeu, puis Yugi réussira à déjouer l’œil du millénaire de Pegasus en changeant d'âme. A chaque tour Yugi changera d'âme avec son autre lui. C'est comme ça qu'il réussira à gagner et grâce à ses amis qui sont toujours derrière lui. Les âmes de Kaiba et de Mokuba seront alors délivrées tout comme l'âme du grand père de Yugi, quand à Jono Uchi, il prendra la récompense pour les yeux de sa sœur.