Dans ce numéro, Shinji fait un peu plus connaissance avec sa collège, Rei, une fille qui ne connait pas les sentiments et qui voue un attachement unique pour la Nerv et plus particulièrement pour le père de Shinji.
On apprend aussi que le père de Shinji a déjà sauvé la vie de Rei au péril de la sienne, attitude impensable pourtant vis à vis de son fils.
Un troisième Ange arrive et Menace directement le QG de la Nerv.
Après un échec cuisant, Shinji remonte dans l'Eva et grâce à une bonne entente avec Rei, les pilotes triomphent de leur ennemi!