Ce 6e volume débute sur une catastrophe, en effet, une base située en Allemangne a été complètement détruite en un instant! La cause reste un mystère...


La NERV recrute un 4e enfant, et il s'agit de Toji, un des meilleurs amis de classe de Shinji! Après avoir longuement hésité, Toji accepte de passer les tests aux commandes de son propre Eva. Mais au cours des tests, un Ange
sous une forme inconnue prend possession de Toji et de l'Ange et destruit la base de la même manière que la base en Allemagne, seul Misato et Ritsuko s'en sortent vivantes.... La Nerv envoit ses Eva abattre l'ennemi, mais Shinji ainsi que Asuka et Rei refusent d'abattre un de leurs amis et veulent le sortir de là!


Au cours du combat Rei et Asuka sont mis KO et il ne reste plus que Shinji qui refuse toujours de se battre, c'est alors que le père de Shinji, le commandant Ikari enclanche un système de secours, le commandement d'un Eva par un robot inconscient. Ainsi libéré de la conscience de Shinji, l'Eva01 destruit l'Eva03 et Toji avec...le pauvre Shinji, impuissant dans son Eva assiste à la scène.