Shinji commencé à vivre avec Asuka et à sympathiser un peu plus avec ses camarades de classe. Suivant les conseils de Rei, Shinji se résout à téléphoner à son père pour établir des liens qu'il espère tant, mais se fait froidement congédier. Pourtant, le lendemain, jour de l'anniversaire de la mort de sa mère, Shinji voit la silhouette de son père devant la tombe de cette dernière.
"Je t'interdis de me suivre, désormais", "un homme doit vivre et évoluer seul", sont les dernières recommandations que Gendô Ikari prodigue à son fils. Finalement, après avoir vaincu le septième Ange, Shinji découvre dans les entrailles de la NERV, le premier Ange:Adam. Le plan de
Complémentarité de l'Homme... Ce projet gigantesque, impliquant des jeunes garçons et des jeunes filles qui ignorent tout de son véritable but, s'apprête désormais à franchir une nouvelle étape...


On apprend surtout que le copain de Misato est un traitre et que la mère de Shinji est morte dans une experience organisée par son père. Asuka a aussi tenté d'embrasser Shinji...