Shaolan vit au pays de Clow où il est archéologue comme son père. La princesse du royaume, Sakura, et lui sont secrètement amoureux mais Shaolan refuse de lui avouer à cause des différences sociales. ce détail ne gêne pas par contre Sakura qui cherche à lui avouer ses sentiments mais entre hésisation et malchances ne réussit pas à lui faire sa déclaration. Cette relation est mal vue par le roi Toya, le frère de Sakura avec qui elle ne cesse de se disputer. Néanmoins, selon Yukito, Shaolan et Sakura sont destinés à être ensemble mais aussi à subir des épreuves très dures.
Lors de fouilles, Sakura est mystérieusement attirée par des symboles dans les ruines et libère de mystérieux ennemis sur le royaume. Au cours de ce mystérieux rituel, Sakura perd son âme symbolisée par des plumes. Sans elle, Sakura risque de mourir. Décidé à la sauver, Shaolan est envoyé par Yukito vers Yuko, la sorcière des dimensions, une magicienne qui serait capable de l'aider.
Au même moment, dans un Japon médiéval, Kurogané, un ninja sanguinaire au service de la princesse Tomoyo est envoyé par celle-ci dans une autre dimension pour qu'il apprenne à ce qu'est la "véritable force" et qu'il cesse de massacrer tous ses ennemis. Dans le pays de Seles, un mystérieux magicien du nom de Fye décide de fuir son monde pour d'obscures raisons. C'est ainsi qu'il se retrouve chez la sorcière des dimensions avec Shaolan et Kurogané. Shaolan veut sauver Sakura, Fye ne plus revenir chez lui et Kurogané, au contraire, y revenir. La sorcière leurs expliquent que pour que chacun obtienne ce qu'il veut, ils vont devoir s'unir. Elle donne au trio une mystérieuse créature appelée Mokona qui leur permettra de voyager dans les dimensions et de rester en contact avec elle mais aussi le pouvoir communiquer avec quiconque ne parle pas la même langue qu'eux.
Le trio débarque avec Sakura, toujours inconsciente dans la république de Hanshin. Ils sont accueillis par Sorata et sa femme Arashi, des amis de Yuko qui se proposent de les aider. Shaolan et ses camarades découvrent aussi l'existence dans ce monde de Kudans, des sortes d'esprits qui protège chaque habitant et reflet de leur personnalité. Au cours d'une ballade pour retrouver une des plumes, le groupe se retrouve pris dans une bagarre entre gangs et Shaolan invoque sans le vouloir son esprit protecteur.