Naruto tombe nez à nez avec Itachi qu’il prend au départ pour Sasuke, et tandis que celui-ci se rappelle de douloureux souvenirs, il finit par retrouver son frère aîné qu’il provoque en duel.
Itachi est sans pitié contre son frère cadet, mais Jiraya vole à son secours. Malgré tout, Sasuke a subi de graves dommages psychologiques et doit être soigné au plus vite. C’est donc en espérant trouver le troisième ninja de la légende, celle capable de soigner les blessures les plus graves, que Naruto et Jiraya prennent la route. Cette femme de 50 ans, ayant l’apparence d’une jeune femme de 20 ans, et surnommée « le légendaire pigeon » parcours actuellement les villes et passe ses journées à jouer aux jeux d’argent.
Durant leurs recherches, Jiraya apprend une nouvelle technique à notre héros aux cheveux jaunes, lui permettant de créer « un flux de chakra » au creux de sa main.
Durant tout ce temps, Orochimaru, privé de ses bras, prépare également un plan pour retrouver le troisième ninja de la légende, Tsunade.