Kaoru Kamiya est la jeune héritière de l'école de Kendo de son père. Depuis quelques nuits, des crimes sont commis sous le nom de Battosai Himura (le nom d'un assassin légendaire pendant la guerre d'Edo), se disant appartenir à l'école Kamiya. Kaoru décide de mettre un terme à ces crimes. En recherchant le meurtrier, elle rencontre un vagabond qui la sauve in extremis de son combat contre le meurtrier. Après avoir raccompagné Kaoru chez elle, il a décidé de repartir.
Kaoru rencontre le vagabond de nouveau, alors qu'il semble avoir des problèmes avec la police : il porte le sabre mais cela est interdit. Le vagabond décide de mener sa petite enquête sur le meurtrier. Il s'avère que ce vagabond est un expert en sabre, et qu'il fait partie de l'école Hiten Mitsurugi. On apprend qu'il est le vrai Battosai, mais qu'il préfère qu'on le nomme Kenshin. Il défait l'imposteur, dont le frère avait réussi à gagner la confiance de Kaoru au dojo
Kenshin décide de rester au dojo Kamiya avec Kaoru. Il fait la rencontre d'un jeune homme, Yahiko, alors que celui-ci tente de voler son portefeuille ! Yahiko est maltraité par sa soi disante famille adoptive qui utilise ses talents de pickpocket afin de s'enrichir. Kenshin met fin à cela et Yahiko entre au dojo Kamiya pour apprendre l'art de manier le sabre.
C'est alors que les deux frères Hiruma du début décide d'engager un mercenaire, du nom de Sanosuké, pour réduire Kenshin au silence. Un combat entre Kenshin et Sanosuké s'amorce. Sanosuké semble être très doué et utilise une arme gigantesque appelée Zanbato.