L'histoire du passé de Kenshin continue. Ken est toujours écouté par ses amis : - La jeune femme du bar s'évanouit, choquée par la mort de l'homme aux chaînes et le meurtre de Kenshin. Il la prend dans ses bras et la ramène au quartier général, à la surprise de ses amis du clan de Chôshû. Elle décide de rester au QG pour aider l'aubergiste. Kenshin semble plus ou moins attiré par cette femme qui se prénomme Tomoé, mais une chose terrible se produit : le clan Chôshû est attaqué par le Shinsengumi (NDLR: dont Saïto fait parti), et plusieurs haut membres de Chôshû sont tués.
Le supérieur de Kenshin, Katsura, conseille à Kenshin de se retirer un moment à la campagne, secrètement et en compagnie de Tomoé. Ils passent ensemble quelques mois de bonheur, qui vont redéfinir la vision qu'à Kenshin de son combat pour la nouvelle ère. Kenshin et Tomoé se marient.
Un jour, un jeune garçon débarque à la maison de Ken et Tomoé, et agresse un jeune garçon du village. Il s'agit de Enishi, le petit frère de Tomoé. Comment a-t-il su où se cachaient nos deux amis? Il somme Tomoé de quitter Kenshin et de partir avec lui. Elle refuse. On apprend qu'elle faisait partie d'un complot qui avait pour but d'assassiner Kenshin. Le lendemain de la visite de Enishi, elle décide de rencontrer les comploteurs afin de les mener sur une fausse piste en donnant un presque faux point faible de Kenshin : il est vulnérable quand il dort. Mais les membres du complot ont décidé d'agir : ils envoient une lettre à Kenshin dans laquelle ils disent qu'ils ont enlevé Tomoé. Kenshin part au repaire forestier des kidnappeurs. Dans la forêt où Kenshin se rend, il ne peut plus se servir de son sixième sens à cause d'un don maléfique de la forêt. Après un premier combat gagné facilement, son adversaire mourrant déclenche une explosion qui rend Kenshin sourd, du moins pendant la durée des prochains combats. Son deuxième combat et un double combat: il fait face à deux adversaires, qu'il élimine avec l'aide de sa vue. Un des deux combattants fuit, le deuxième déclenche une autre explosion qui rend Kenshin aveugle! Il est totalement coupé du monde! Il parvient néanmoins à rejoindre le dernier combattant... Comment va t'il s'en sortir contre le meilleur des combattants sans ni sa vue ni son ouï ni même son sixième sens? Réponse au tome 21! (NDLR: un très bon tome)