Enishi Yukishiro est enfin à l'apogée de sa Vengeance humaine. Il va tuer Kaoru. Pendant ce temps Kenshin arrive enfin à s'échapper des bras de Hyôgo Kujiranami grâce à Sanosuke et Saïtô qui sont venus l'aider. Le géant est vaincu par le loup de Mibu. Sur le chemin pour retrouver Kaoru, Kenshin croise Enishi qui lui dit de suivre le parfum de sa soeur, l'essence de prunier blanc, pour trouver sa vérité. C'est alors que Kenshin, Sanosuke et Mégumi découvrent la pire chose qui puisse arriver, le cadavre de Kaoru sans vie assassinée par Enishi. Le sabre traversant la poitrine et une cicatrice comme celle de Kenshin sur la joue. Enishi et Ge'in se sont enfui après ça, tandis que leurs compagnons ont été arrêtés par la police. On ne vit aucune trace de Kenshin à l'enterrement de Kaoru, il s'est réfugié dans le quartier des parias, Rakunin Mura, dégoûté de la vie, désespéré, anéanti. Ses amis aussi dépités que lui essayent en vain de le "ramener à la vie" mais rien a faire il ne veut plus se battre. Aoshi et Misao qui étaient chargés de ramener le journal de Tomoe Yukishiro arrivent enfin à Tôkyô et croisent Yahiko qui leurs explique toute l'histoire.

Ils décident alors d'apporter quand même le journal à Enishi pour qu'il s'excuse devant la tombe de Kaoru pour s'être trompé. Après avoir pleurée toute la nuit Misao va voir Kenshin avec Yahiko, mais en chemin ils croisent Sanosuke qui a définitivement fait ses adieux à Kenshin et qui s'en va pour de bon. Dans le quartier des parias ils rencontrent Oiboré, un vieil homme ami des animaux qui les aide à voir Kenshin, en échappant à la colère des résidents du quartier. Mais la visite des deux jeunes enfants ne redonne pas espoir à Kenshin. Au même moment Aoshi s'interroge sur la mort de Kaoru qui lui paraît bien étrange; pour ce faire il interroge Mégumi. L'idée du journal à momentanément disparue car Aoshi aimerait déterrer le corps de Kaoru pour vérifier s'il est vrai. En fait il a remarqué que le corps de l' iwanbô n°2 pourrissait, il est fait à partir de cadavres humains, donc il nécessite un entretien régulier de Ge'in. De plus le chef d'Oniwabanshû à confirmé cette théorie en trouvant des ouvrages de ses prédécesseurs parlant de cette technique.

Le corps de Kaoru est donc déterré et disséqué par l'Okashira. La stupeur est de taille, Kaoru Kamiya est vivante et le cadavre n'est qu'une parfaite copie. En fait Enishi a seulement endormie Kaoru et la garde prisonnière dans son repère sur une petite île isolée. Pour retrouver leurs amie, Yahiko, Mégumi , Misao et Aoshi vont rendent une petite visite à Saïtô, le meilleur informateur du pays. En fait celui-ci est déjà au courant au sujet de Kaoru grâce à son espion Chô, des Dix Sabres, qui surveillait l'ancien repère d'Enishi. Après de grandes difficultés à convaincre Saïtô, Misao et Yahiko obtiennent l'information et partent sur le champs la chercher. Aoshi, lui, de son côté veut tendre un piège, dans la forêt où se trouvait la tombe de Kaoru, à Ge'in qui va sûrement récupérer un de ses chef-d'oeuvre, la fausse Kaoru. L'originale, justement, essaye de s'échapper de sa prison, profitant des blessures subies, pendant le combat contre Kenshin, par Enishi.

Mais la soeur de celui-ci ne lui souriant plus dans sa tête est fou furieux et essai d'étrangler Kaoru qui est pour lui la cause du mécontentement de sa soeur, mais le choc qu'il a reçu après la mort de celle-ci l'empêche de tuer n'importe quelle femme. Auparavant, Kaoru avait entendue dire qu'Enishi cédait son organisation de Shanghai, à Eishin Wu, son bras droit toujours entouré des quatre étoiles, car elle ne lui était plus d'aucune utilité, seul sa vengeance l'intéressait. Pendant ce temps Yahiko et Misao, ne trouvant pas le repère, sont contraint d'abandonner les recherches. Au même moment le piège d'Aoshi fonctionnait à merveille et il doit donc se battre contre Ge'in. Il remporte le combat assez facilement, malgré les attaques du marionnettiste avec des câbles en acier tranchants qu'il avait au bout des doigts, en usant d'une technique provenant du double maniement des kodachi de l'école Oniwabanshû, Onmyô Hasshi. Ge'in avait encerclé Aoshi avec des toiles imbibées d'huile et y a mis le feu, mais grâce à sa technique il a empêché Ge'in de bouger et celui-ci a brûlé dans l'incendie de la forêt. Aoshi, quand à lui, a profité de la mobilité de la terre sur les tombes pour se cacher et ne pas périr brûlé.