Kenshin rêve d'un de ses combats avec Saïto, lors de la fin de l'ère Edo. Revenant à la réalité il en fait part à Kaoru et à Yahiko qui semblent entonnés qu'il révèle une partie de son passé. Tout s'enchaîne alors, Kenshin se demande pourquoi il se met à repenser à cela, tandis qu'un inconnu se présente à Sanosuké au dôjô Kamiya. Un soi-disant médecin, Gorô Fujita, qui contre toute attente est un des rares à connaître Battosaï et son entourage. Un combat se déroule alors entre Sano et cet excellent Kendôka qui lui donne une méchante leçon. Kenshin accompagné de Kaoru, Yahiko et Mégumi font irruption au dôjô et retrouvent Sanosuké inconscient. Il s'en sort de peu grâce aux soins de Mégumi mais il est toujours inconscient. Mais Kenshin reconnait la technique de son plus grand rivel, Hajimé Saïto et lorsqu'il reçoit une lettre de celui-ci il se rend à l'endroit prévu, mais Saïto avait calculé cela et avait fait un pacte avec son associé (car il est à la solde d'un assassin ne se salissant pas les mains, un homme voulant devenir acteur principal dans cette ère)et lui permet de se rendre à la rencontre de Battosaï pendant que lui va aux côtés de Kaoru sous un uniforme de policier. Kenshin se bat avec ce subordonné et apprend de sa bouche que Saïto est un assassin alors il se rend au dôjô et son réel combat débute, un duel tel qu'il en existait à la fin du Bakumatsu, dans Kyoto et ces deux hommes redeviennent assassins tandis que Kenshin n'entend plus les cris de Kaoru. Peu à peu Kenshin redevient l'Hitokiri qu'il était et au moment où la fin du combat approche, un acteur clé du gouvernement, celui étant à la tête du pays les arrêtent, son nom, Toshimichi Okubo. On apprend que Saïto, le Loup de Mibu, est en fait aux ordres de la police et qu'il enquêtait sur Himura. Celui-ci redevient finalement Kenshin (pour la plus grande joie de Kaoru) et écoute les explications de cet homme. Il se trouve que l'ère est menacée par un assassin du nom de Shishio qui veut prendre le pouvoir. Kenshin doit l'en empêcher et si possible le tuer. Et là révolte générale, la bade de Kenny (pas contente du tout ^^) se rebiffe. Kenshin doit cependant partir vers Tokyo pour permettre à cette ère et à ceux qu'il aime de vivre en paix car il veux les protéger... Ce sont ses adieux qu'il formule à Kaoru...